吃益生菌的用途大致上有分兩種，『治療』與『保養』。治療一般使用在過敏、感冒、拉肚子、便秘等等免疫問題或腸道問題上。保養一般屬於腸道的健康維持，以腸道好身體自然健康為目的。但是有時候我們吃益生菌會與其他東西或藥物相互牴觸，要如何能正確選擇呢？
益生菌可以跟什麼一起吃?
『有助於』益生菌生長的食物
- 高纖食物：蔬菜水果中膳食纖維可以幫助好菌生長
- 洋蔥：含有刺激好菌成長的營養物質
益生菌不能跟什麼一起吃?
『會抑制』益生菌生長的食物
一般來說，只要吃了會殺死或抑制活菌生長的東西，都會歸類成不能一起吃的。益生菌的本質是細菌，通俗的用比較好理解的話來說，益生菌屬於細菌界中的好人，對人體有益甚至沒有它不行的一種細菌。但是也因為他是細菌，我們平時的飲食和藥物都有某些殺菌成分的東西就要留意，盡量不要一起吃，免得好菌死光光就可惜了！
- 蜜蜂製品：蜜蜂產品或多或少有抑菌殺菌功能影響好菌成長。
- 乳鐵蛋白：對某些好菌有抑制成長的，非必要盡量不要一起使用。
- 初乳蛋白：與乳鐵蛋白相同。
- 藻精蛋白：螺旋藻提取物中的多醣類和硫酸多醣等成分具有一定的抗菌和抗病毒作用，能夠抑制某些細菌和病毒的生長和繁殖。
- 其他有抗菌功能的天然食物盡量避免。
※ 在益生菌服用的期間，最好都要避免食用這類食品。
參考文獻： 乳鐵蛋白與乳鐵蛋白耐受性益生菌菌株並用之抗菌功效分析
益生菌不能跟什麼一起吃 (灰色地帶)
抗生素：
顧名思義它是以殺死細菌為目的之藥物。醫生會開立抗生素的藥物代表病人身體已經有細菌感染，有可能是感冒引起的併發症，例如病毒引起的感冒後身體免疫系統較差抵抗力低下，進一步引起下呼吸道的細菌感染，例如細菌性肺炎、細支氣管炎。這些醫生都會開立抗生素給予病人使用以控制細菌的蔓延程度。
吃抗生素期間仍要補充益生菌，但要分開吃
不管是抗生素的種類還有抗菌效果的強弱，對病人體內微生物的傷害極大，包括好菌亦會一起被消滅。所以在有吃抗生素的狀況下，益生菌所擔任的角色會更重要，甚至使用劑量方面需要比平時的劑量要高，已確保腸內好菌的數量和優勢。至於能與抗生素一起吃的益生菌，必須是無抗藥性的菌珠，才不會因為一邊吃抗生素一邊吃益生菌而產生的致病細菌的抗藥性。但要注意益生菌必須盡量離吃藥時間間格越遠越好。
※有吃抗生素的時候益生菌一定要吃，要選擇沒有抗藥性的菌珠，距離當天吃藥時間越久越好，至少要間隔1~2小時抗組織胺：
俗稱抗過敏藥。如果以過敏來說吃益生菌是以抗過敏為主要目的，在藥物影響之下益生菌對免疫的調節是很小的，會失去吃抗過敏菌應該有的預期效果。免疫調節平衡(抗過敏成功)的時間會比沒吃抗組織胺單獨只吃抗過敏菌要久。雖然抗過敏菌單獨使用的效果會比與抗過敏藥一起吃來的好，但還是要留意如果過敏的狀況非常嚴重，藥物是一定要使用的，避免過敏引起更不好的狀況發生(例如嚴重影響到睡眠和學習)。抗過敏藥控制過敏狀況減緩，則可以開始與醫生討論開始減少藥物劑量的計畫。
※抗過敏藥會影響抗過敏菌的效果，應與醫師討論是否可以在過敏症狀減緩時開始減藥的計畫。
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